Setelah menjalani hari-hari damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura kini berada di persimpangan jalan yang krusial, saat sumpahnya untuk tidak mengakhiri nyawa seseorang diuji sampai batasnya.
Setelah mantan komandannya dibunuh, Kenshin harus kembali menapaki jalan kekerasan dan pertumpahan darah demi mengalahkan Makoto Shishio—seorang jenius pembunuh yang menyebut dirinya sebagai penerus Battousai yang legendaris. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaan di Kyoto, Shishio telah menyusun rencana dengan matang selama satu dekade, membentuk pasukan militer anti-pemerintah yang tangguh. Kini, Shishio membidik Aoshi Shinomori—pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin kelompok prajurit legendaris, Oniwaban Group—untuk direkrut ke dalam pasukannya.
Saat Kenshin melintasi sebuah desa yang telah ditinggalkan oleh pemerintah dan kini berada di bawah cengkeraman tangan besi anak buah Shishio, ia bertekad untuk mencegah negara ini kembali terjerumus ke dalam perang saudara. Ia pun menjalin aliansi rapuh dengan mantan rivalnya, Hajime Saitou, dalam pertarungan melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.
